
Em 3 de maio de 1875, foi inaugurada a estrada de ferro ligando Campinas a Jaguari, margeando o Rio Jaguari. Na região então denominada Jaguari, existia uma grande fazenda de propriedade do coronel Amâncio Bueno chamada Fazenda Florianópolis. Na década de 1880, o coronel loteou a fazenda e propiciou a instalação, no local, de imigrantes portugueses e italianos. Em 19 de fevereiro de 1892, foi criada a Paróquia de Santa Maria, em Jaguari.
A Lei 433, de 5 de agosto de 1896, criou o distrito de paz de Jaguari, pertencente a Mojimirim. Pelo Decreto-lei 14 344, de 30 de novembro de 1944, foi acrescido, ao nome do distrito, o sufixo de origem tupi “una”, que significa “preto”.
Em 30 de dezembro de 1953, a Lei 2 456 tornou Jaguariúna emancipada de Mojimirim, passando a constituir um município autônomo.
“Jaguariúna” é um vocábulo tupi que significa “rio preto das onças”, através da junção dos termos îagûara (onça), ‘y (água, rio) e un (preto). Vale destacar que o brasão da cidade, que mostra uma onça preta ao lado de um rio azul, incorre num erro em relação à etimologia tupi do nome da cidade: o correto, do ponto de vista etimológico, seria o brasão mostrar uma onça comum ao lado de um rio negro.